Oi Nino,
A SAP já confirmou que esse cenário deve ser da maneira como está.
No caso do NCM a SAP espera que esta informação seja cadastrada na J1BTAX sem os pontos. Se vocês gravarem no master com os pontos, então será necessário fazer um tratamento para removê-los antes de enviar para a estrutura da RFC.
att,
Renan Correa