Bom dia Bruno,
Você está usando processo de decouple? Criação de nota SEPARADO do processo de envio ao SAP NFE?
Em configurações antigas acontecia da nota chegar a ser numerada e entregue ao SAP NFE, porém o processo falhava na gravação.
Daí você tinha uma nota gravada e não numerada no monitor J1BNFE, e no sistema SAP NFE uma nota em processamento que chega até a autorização.
Como a PK no SAP NFE é a chave de acesso você poderia ver isso procurando na SE16 pelo DOCNUM e encontra duas chaves de acesso.
Solução para o incidente é na mão.
Para a causa raiz é usar o decouple. E ou investigar outras causas que podem estar gerando falha na gravação (códigos de cliente também podem provocar isso).
Atenciosamente, Fernando Da Rós